[태양광·풍력 계약실무] 9. 계열사 간 금전 거래와 부당행위계산부인

기업을 경영하다 보면 자금의 효율적인 운용이나 계열사의 일시적인 유동성 위기 해결을 위해 법인 간 금전을 대여하거나 차용하는 상황을 자주 마주하게 됩니다. 이러한 계열사 간 자금 거래는 경영 판단의 영역으로서 그 자체로 위법한 행위는 아니지만, 조세 행정의 관점에서는 매우 세심한 주의가 요구되는 대목입니다. 특히 특수관계인 사이의 거래는 일반적인 제3자와의 거래와 달리 조세 부담을 부당하게 감소시킬 우려가 있다고 판단될 경우, 법인세법상의 '부당행위계산부인' 규정이 적용되어 예상치 못한 세무 리스크를 초래할 수 있기 때문입니다. 이하에서는 계열사 간 금전 거래 시 반드시 검토해야 할 부당행위계산부인의 법리적 개념과 실무상 적정 이자율 산정 기준에 대해 상세히 정리해 보겠습니다.

법인세법(법률 제21065호, 2025. 10. 1.)

1. 부당행위계산부인의 개념과 적용 요건

부당행위계산부인이란 특수관계에 있는 자와의 거래가 경제적 합리성을 결여하여 해당 법인의 소득금액에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우, 과세관청이 그 법인의 행위나 계산에 관계없이 시가를 기준으로 소득금액을 다시 계산하여 과세하는 제도를 의미합니다.

법인세법 제52조 제1항에서 명시하고 있 이 규정의 핵심은 실질과세의 원칙을 바탕으로 조세 평등을 구현하는 데 있습니다. 즉, 계열사나 임원 등 특수관계인 사이에서 체결된 계약 내용이 일반적인 시장의 상거래 관행에 비추어 비정상적이라고 판단된다면, 세법은 이를 인정하지 않고 정상적인 시장 가격(시가)을 기준으로 거래가 이루어진 것으로 보아 세금을 부과하겠다는 취지입니다. 이는 사적 자치의 원칙에 따라 체결된 계약일지라도 조세 공평을 해치는 경우에는 세법상 교정의 대상이 됨을 의미합니다.

2. 금전 거래와 관련된 주요 부당행위 유형

법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 및 제7호에서는 금전 거래와 관련하여 부당행위로 간주될 수 있는 구체적인 유형을 규정하고 있습니다. 실무적으로 가장 빈번하게 발생하는 유형은 다음의 두 가지입니다.
  • 저리 및 무상 대부: 특수관계인에게 자금을 빌려주면서 이자를 받지 않거나(무상), 객관적인 시가보다 낮은 이율로 금전을 대부하는 경우입니다.
  • 고리 차용: 반대로 특수관계인으로부터 자금을 빌려오면서 시장의 통상적인 수준보다 지나치게 높은 이율로 이자를 지급하는 경우입니다.
위와 같은 행위들은 결과적으로 대여 법인의 이익을 부당하게 축소시키거나 차입 법인의 비용을 과다하게 계상하게 하여 법인세 부담을 낮추는 결과를 초래합니다. 따라서 과세당국은 이러한 거래가 확인될 경우 그 차액만큼을 법인의 소득으로 보아 과세하게 됩니다.

3. 시가(적정 이자율) 산정의 구체적 기준

그렇다면 과세관청이 부당행위 여부를 판단하는 척도인 '시가', 즉 적정 이자율의 기준은 무엇일까요? 법인세법 제52조 제2항은 시가를 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격으로 정의합니다. 금전 대차 거래에 있어 구체적인 시가 산정 원칙은 다음과 같습니다.

(1) 원칙: 가중평균차입이자율의 적용

법인세법 시행규칙 제43조 제1항에 따르면, 자금 거래 시 시가의 기본 원칙은 '가중평균차입이자율'을 적용하는 것입니다. 이는 자금을 대여한 법인이 대여 시점 현재 보유하고 있는 차입금 잔액(특수관계인으로부터의 차입금은 제외)에 대하여, 각 차입 당시의 이자율을 곱한 금액의 합계액을 해당 차입금 잔액의 총액으로 나눈 비율을 의미합니다. 즉, 대여 법인이 실제로 외부 금융기관 등으로부터 자금을 조달할 때 부담하는 평균적인 비용을 기준으로 삼겠다는 논리입니다.

법인세법

제88조(부당행위계산의 유형 등) ①법 제52조 제1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율ㆍ요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.
가. 제19조 제19호의2 각 목 외의 부분에 해당하는 주식매수선택권등의 행사 또는 지급에 따라 금전을 제공하는 경우
나. 주주등이나 출연자가 아닌 임원(소액주주등인 임원을 포함한다) 및 직원에게 사택(재정경제부령으로 정하는 임차사택을 포함한다)을 제공하는 경우
다. 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 재정경제부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공하는 경우

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우. 다만, 법 제76조의8에 따른 연결납세방식을 적용받는 연결법인 간에 연결법인세액의 변동이 없는 등 재정경제부령으로 정하는 요건을 갖추어 용역을 제공받은 경우는 제외한다.

법인세법 시행령

제89조(시가의 범위 등) ③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 재정경제부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 “가중평균차입이자율”이라 한다)을 시가로 한다.

법인세법 시행규칙

제43조(가중평균차입이자율의 계산방법 등) ① 영 제89조 제3항 각 호 외의 부분 본문에서 “재정경제부령으로 정하는 가중평균차입이자율”이란 자금을 대여한 법인의 대여시점 현재 각각의 차입금 잔액(특수관계인으로부터의 차입금은 제외한다)에 차입 당시의 각각의 이자율을 곱한 금액의 합계액을 해당 차입금 잔액의 총액으로 나눈 비율을 말한다. 이 경우 산출된 비율 또는 대여금리가 해당 대여시점 현재 자금을 차입한 법인의 각각의 차입금 잔액(특수관계인으로부터의 차입금은 제외한다)에 차입 당시의 각각의 이자율을 곱한 금액의 합계액을 해당 차입금 잔액의 총액으로 나눈 비율보다 높은 때에는 해당 사업연도의 가중평균차입이자율이 없는 것으로 본다.

(2) 예외: 당좌대출이자율의 적용

현행법은 특정 사유가 있거나 법인이 선택하는 경우 예외적으로 '당좌대출이자율'을 시가로 적용할 수 있도록 허용하고 있습니다. 구체적인 적용 사유는 다음과 같습니다.
  • 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유(차입금이 없는 경우 등)가 있는 경우
  • 해당 법인이 법인세 신고 시 당좌대출이자율을 시가로 선택하여 신고한 경우 (이 경우 선택한 사업연도와 그다음 2개 사업연도까지 의무 적용)
  • 대여기간이 5년을 초과하는 대여금이 있는 경우
현재 법인세법 시행규칙 제43조 제2항에 따라 고시된 당좌대출이자율은 연 4.6%입니다. 실무적으로 가중평균차입이자율 산정이 복잡하거나 외부 차입금이 없는 법인의 경우 이 당좌대출이자율을 기준으로 금전대여계약을 체결하는 경우가 많습니다.

법인세법 시행규칙

제43조(가중평균차입이자율의 계산방법 등) ② 영 제89조 제3항 각 호 외의 부분 단서에서 “재정경제부령으로 정하는 당좌대출이자율”이란 연간 1,000분의 46을 말한다.


4. 시사점 및 대응 방안

계열사 간 자금 거래는 경영 효율성을 높이는 중요한 수단이지만, 세법상 정교한 검토 없이 이루어질 경우 추후 세무조사 등을 통해 거액의 법인세가 추징되는 리스크를 안고 있습니다. 특히 이자율 설정의 적정성뿐만 아니라 실제 이자의 수수 여부, 약정서의 구비 여부 등도 부당행위 여부를 판단하는 중요한 증거가 됩니다. 

따라서 금전대여계약을 체결하기 전, 반드시 현재 법인의 차입금 현황을 분석하여 가중평균차입이자율과 당좌대출이자율 중 어느 것이 유리하고 적합한지를 면밀히 따져보아야 합니다. 또한, 계약서 작성 단계부터 세법상 시가 기준을 명확히 반영하여 조세 리스크를 사전에 관리하는 지혜가 필요합니다.

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